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Maria Abou Chakra (elle)

Associé de recherche, biologie computationnelle

Université de Toronto

Profil créé le : 20 février 2024
Secteur :
Parcours education : Université
Matières scolaires associées :

À propos de ma carrière

Je crée des modèles informatiques pour prévoir ou expliquer le fonctionnement de différents systèmes biologiques.

Je suis né/j’ai grandi à : Je suis née à Beyrouth, au Liban, et j’ai grandi à Oshawa, en Ontario, au Canada.

J’habite désormais : Oshawa, en Ontario, au Canada

J’ai fait ma formation ou mes études à : Baccalauréat ès sciences en biologie de l’Université McMaster( en anglais); doctorat en biologie théorique et évolutive de l’Université McMaster ( en anglais); postdoctorat en biologie théorique à l’Institut Max Planck ( en anglais)de Plön en Allemagne; auxiliaire de recherche en modélisation du développement cellulaire au Bader Lab de l’Université de Toronto ( en anglais).

Je suis bioinformaticienne ( en anglais). En d’autres mots, j’utilise des ordinateurs pour créer des modèles du fonctionnement des systèmes biologiques. Ensuite, je conçois des expériences à l’aide des modèles informatiques que j’ai conçus. On appelle ce type d’expérience une expérience «in silico ». Mes tâches varient chaque jour en fonction du projet sur lequel je travaille. Certains jours, je passe mon temps à lire des rapports de recherche. Je lis ces rapports pour obtenir des informations de base sur les projets sur lesquels je travaille. Je consacre d’autres jours à l’analyse des résultats d’expériences que nous avons menées à l’aide de modèles informatiques.

Au début d’un projet, je consacre la majeure partie de mon temps à la programmation du modèle. Quand le modèle est prêt, je teste des hypothèses et je tente de répondre à nos questions de recherche. Mener des expériences à l’aide de modèles informatiques est différent de mener des expériences dans la vie réelle. La plus grande partie de la préparation a lieu à la phase d’initialisation. C’est là que j’identifie ce que nous pouvons explorer en fonction de l’objectif du modèle. À la lumière de cette information, je définis les attentes pour l’expérience. Ensuite, je configure les modèles pour effectuer les simulations. C’est à ce moment-là que se déroule l’expérience in silico.

Une fois les simulations terminées, je procède à l’analyse des données. Cette étape ressemble à celle de n’importe quelle expérience. C’est toujours un sentiment incroyable lorsque les résultats révèlent une nouvelle tendance ou changent notre compréhension initiale. 

 La biologie joue un rôle important dans ma programmation; bien que j’utilise aussi parfois les mathématiques et la physique. Car, une grande partie de mon travail consiste à résoudre des problèmes. En fait, j’aime faire des liens entre des expériences et des idées provenant de différents domaines. C’est comme assembler les pièces d’un casse-tête sans connaître l’image globale.

La recherche scientifique est rarement une ligne droite. La plupart du temps, je me retrouve à apprendre de nouvelles choses et à passer d’un domaine à l’autre. D'où l'importance de la créativité! En fait, elle aide à combler les lacunes de connaissances. D’ailleurs, on pourrait penser que je travaille sur mon ordinateur la plupart du temps, mais en réalité, mes projets sont des collaborations avec d’autres expertes et experts. Échanger avec d’autres scientifiques et ingénieures et ingénieurs est ma partie préférée de la recherche. J’aime réfléchir et discuter de nouvelles façons de résoudre les problèmes. À mon avis, la résolution de problèmes est plus efficace lorsqu’elle est faite en collaboration avec d’autres personnes. 

Le poste que j’occupe aujourd’hui est le résultat d’un travail acharné. Mais c’est aussi le résultat du soutien que j’ai reçu tout au long de mon parcours. À l’école secondaire, je n’étais pas certaine de mes objectifs de carrière. En fait,  je m'intéressais à plusieurs matières à la fois. Alors, le conseil d’orientation m’a conseillé le génie.  

J’ai découvert la biologie par hasard et c'était fascinant. Je voulais en savoir plus sur la formation des êtres vivants, la croissance des plantes et le développement des coquillages. Je voulais aussi comprendre le fonctionnement de notre corps. J’ai alors décidé d’apprendre tout ce que je pouvais sur la biologie. Pendant mes études universitaires, mon objectif était d’exceller en biologie. Je me suis inscrite à des cours de biologie qui couvraient différents domaines. J’ai étudié des sujets comme la microbiologie, la biologie végétale et l’écologie. J’ai aussi étudié l’immunologie humaine, la physiologie et la génétique.

Pendant mon congé d’été, j’ai aussi appris à utiliser Microsoft Excel et à automatiser certaines données. C’est en travaillant dans un laboratoire dans le cadre de mon baccalauréat spécialisé que j’ai découvert ma passion pour la recherche. Cela m’a incité à faire une maîtrise. J’y ai vu l’occasion de combiner mon bagage en biologie avec mes compétences en programmation. Mon intérêt pour la recherche a aussi suscité un intérêt pour l’histoire. Alors, j’ai voulu viser de nouveaux objectifs.  

Après avoir terminé ma maîtrise, j’ai décidé de faire un doctorat en sciences. J’ai étudié la biologie théorique. J’étais déterminée à devenir une experte dans ce domaine! J’ai terminé avec succès mon doctorat et on m’a proposé un stage postdoctoral en théorie des jeux. Dans le cadre de ce stage, j’ai travaillé sur la modélisation des négociations sur les changements climatiques. Actuellement, je suis en formation sur la modélisation du développement et de la régénération des cellules.

Je suis motivée à créer des modèles pertinents. Je veux que les modèles reflètent avec précision les systèmes biologiques et nous aident à répondre à des questions importantes. La partie excitante et stimulante du développement d’un modèle est lorsque je rencontre des lacunes dans mes connaissances. À ce moment-là, je dois faire preuve de créativité pour représenter fidèlement la réalité. C’est là qu’il est utile d’avoir un ensemble de compétences variées. Je dois souvent recueillir des informations provenant de plusieurs domaines pour comprendre pleinement un système. C’est parfois difficile, mais j’obtiens un modèle plus performant.

Les modèles informatiques sont des outils puissants qui peuvent nous aider à faire des projections et à comprendre des idées complexes. En fait, ils nous permettent de tester des idées qui ne sont pas réalisables dans la vie réelle. Aussi, les résultats obtenus grâce aux modèles informatiques peuvent nous aider à concevoir d’autres expériences ou faire de meilleures projections. Par exemple, les modèles peuvent servir à tester des traitements pour des maladies. C’est le cas en médecine régénérative (médecine qui s’intéresse à la manière dont les tissus des organes, comme le cœur ou les reins, peuvent se réparer eux-mêmes). Si les organes peuvent se réparer eux-mêmes, alors il ne sera plus nécessaire d'avoir recours à la chirurgie ou aux médicaments. À l’aide de modèles informatiques, les chercheuses et chercheurs en médecine régénérative peuvent tester des idées avant de réaliser des expériences en laboratoire.

Les modèles informatiques peuvent transformer la manière dont les expériences sont conçues. Utiliser des modèles pour faire des expériences peut contribuer à réduire les coûts. Prenons l’exemple suivant: « Je souhaite découvrir les facteurs qui poussent les cellules à changer et à prendre des décisions.» Comment une seule cellule décide-t-elle du nombre de cellules cérébrales ou cardiaques nécessaires pour former notre corps? Il existe de nombreux mécanismes et réponses possibles, mais nos outils expérimentaux actuels ne permettent pas de tous les considérer de manière isolée. Grâce aux informations disponibles et aux outils informatiques, notre modèle peut prédire des tendances. Il peut aussi proposer des solutions possibles avant même de les explorer avec d’autres outils expérimentaux.

Quand je ne travaille pas, j’aime peindre dans ma cour. J’aime aussi améliorer mon élan de golf au terrain d’exercice. J’ai deux jeunes enfants qui me tiennent occupée avec des jeux de société et diverses

Prends le temps de réfléchir. La science consiste à découvrir et à faire des liens entre les idées.

Ce que je fais au travail

Je suis bioinformaticienne ( en anglais). En d’autres mots, j’utilise des ordinateurs pour créer des modèles du fonctionnement des systèmes biologiques. Ensuite, je conçois des expériences à l’aide des modèles informatiques que j’ai conçus. On appelle ce type d’expérience une expérience «in silico ». Mes tâches varient chaque jour en fonction du projet sur lequel je travaille. Certains jours, je passe mon temps à lire des rapports de recherche. Je lis ces rapports pour obtenir des informations de base sur les projets sur lesquels je travaille. Je consacre d’autres jours à l’analyse des résultats d’expériences que nous avons menées à l’aide de modèles informatiques.

Au début d’un projet, je consacre la majeure partie de mon temps à la programmation du modèle. Quand le modèle est prêt, je teste des hypothèses et je tente de répondre à nos questions de recherche. Mener des expériences à l’aide de modèles informatiques est différent de mener des expériences dans la vie réelle. La plus grande partie de la préparation a lieu à la phase d’initialisation. C’est là que j’identifie ce que nous pouvons explorer en fonction de l’objectif du modèle. À la lumière de cette information, je définis les attentes pour l’expérience. Ensuite, je configure les modèles pour effectuer les simulations. C’est à ce moment-là que se déroule l’expérience in silico.

Une fois les simulations terminées, je procède à l’analyse des données. Cette étape ressemble à celle de n’importe quelle expérience. C’est toujours un sentiment incroyable lorsque les résultats révèlent une nouvelle tendance ou changent notre compréhension initiale. 

 La biologie joue un rôle important dans ma programmation; bien que j’utilise aussi parfois les mathématiques et la physique. Car, une grande partie de mon travail consiste à résoudre des problèmes. En fait, j’aime faire des liens entre des expériences et des idées provenant de différents domaines. C’est comme assembler les pièces d’un casse-tête sans connaître l’image globale.

La recherche scientifique est rarement une ligne droite. La plupart du temps, je me retrouve à apprendre de nouvelles choses et à passer d’un domaine à l’autre. D'où l'importance de la créativité! En fait, elle aide à combler les lacunes de connaissances. D’ailleurs, on pourrait penser que je travaille sur mon ordinateur la plupart du temps, mais en réalité, mes projets sont des collaborations avec d’autres expertes et experts. Échanger avec d’autres scientifiques et ingénieures et ingénieurs est ma partie préférée de la recherche. J’aime réfléchir et discuter de nouvelles façons de résoudre les problèmes. À mon avis, la résolution de problèmes est plus efficace lorsqu’elle est faite en collaboration avec d’autres personnes. 

Mon parcours

Le poste que j’occupe aujourd’hui est le résultat d’un travail acharné. Mais c’est aussi le résultat du soutien que j’ai reçu tout au long de mon parcours. À l’école secondaire, je n’étais pas certaine de mes objectifs de carrière. En fait,  je m'intéressais à plusieurs matières à la fois. Alors, le conseil d’orientation m’a conseillé le génie.  

J’ai découvert la biologie par hasard et c'était fascinant. Je voulais en savoir plus sur la formation des êtres vivants, la croissance des plantes et le développement des coquillages. Je voulais aussi comprendre le fonctionnement de notre corps. J’ai alors décidé d’apprendre tout ce que je pouvais sur la biologie. Pendant mes études universitaires, mon objectif était d’exceller en biologie. Je me suis inscrite à des cours de biologie qui couvraient différents domaines. J’ai étudié des sujets comme la microbiologie, la biologie végétale et l’écologie. J’ai aussi étudié l’immunologie humaine, la physiologie et la génétique.

Pendant mon congé d’été, j’ai aussi appris à utiliser Microsoft Excel et à automatiser certaines données. C’est en travaillant dans un laboratoire dans le cadre de mon baccalauréat spécialisé que j’ai découvert ma passion pour la recherche. Cela m’a incité à faire une maîtrise. J’y ai vu l’occasion de combiner mon bagage en biologie avec mes compétences en programmation. Mon intérêt pour la recherche a aussi suscité un intérêt pour l’histoire. Alors, j’ai voulu viser de nouveaux objectifs.  

Après avoir terminé ma maîtrise, j’ai décidé de faire un doctorat en sciences. J’ai étudié la biologie théorique. J’étais déterminée à devenir une experte dans ce domaine! J’ai terminé avec succès mon doctorat et on m’a proposé un stage postdoctoral en théorie des jeux. Dans le cadre de ce stage, j’ai travaillé sur la modélisation des négociations sur les changements climatiques. Actuellement, je suis en formation sur la modélisation du développement et de la régénération des cellules.

Ce qui me motive

Je suis motivée à créer des modèles pertinents. Je veux que les modèles reflètent avec précision les systèmes biologiques et nous aident à répondre à des questions importantes. La partie excitante et stimulante du développement d’un modèle est lorsque je rencontre des lacunes dans mes connaissances. À ce moment-là, je dois faire preuve de créativité pour représenter fidèlement la réalité. C’est là qu’il est utile d’avoir un ensemble de compétences variées. Je dois souvent recueillir des informations provenant de plusieurs domaines pour comprendre pleinement un système. C’est parfois difficile, mais j’obtiens un modèle plus performant.

Comment j’influence la vie des gens

Les modèles informatiques sont des outils puissants qui peuvent nous aider à faire des projections et à comprendre des idées complexes. En fait, ils nous permettent de tester des idées qui ne sont pas réalisables dans la vie réelle. Aussi, les résultats obtenus grâce aux modèles informatiques peuvent nous aider à concevoir d’autres expériences ou faire de meilleures projections. Par exemple, les modèles peuvent servir à tester des traitements pour des maladies. C’est le cas en médecine régénérative (médecine qui s’intéresse à la manière dont les tissus des organes, comme le cœur ou les reins, peuvent se réparer eux-mêmes). Si les organes peuvent se réparer eux-mêmes, alors il ne sera plus nécessaire d'avoir recours à la chirurgie ou aux médicaments. À l’aide de modèles informatiques, les chercheuses et chercheurs en médecine régénérative peuvent tester des idées avant de réaliser des expériences en laboratoire.

Les modèles informatiques peuvent transformer la manière dont les expériences sont conçues. Utiliser des modèles pour faire des expériences peut contribuer à réduire les coûts. Prenons l’exemple suivant: « Je souhaite découvrir les facteurs qui poussent les cellules à changer et à prendre des décisions.» Comment une seule cellule décide-t-elle du nombre de cellules cérébrales ou cardiaques nécessaires pour former notre corps? Il existe de nombreux mécanismes et réponses possibles, mais nos outils expérimentaux actuels ne permettent pas de tous les considérer de manière isolée. Grâce aux informations disponibles et aux outils informatiques, notre modèle peut prédire des tendances. Il peut aussi proposer des solutions possibles avant même de les explorer avec d’autres outils expérimentaux.

En dehors du travail, je

Quand je ne travaille pas, j’aime peindre dans ma cour. J’aime aussi améliorer mon élan de golf au terrain d’exercice. J’ai deux jeunes enfants qui me tiennent occupée avec des jeux de société et diverses

Mon conseil aux autres

Prends le temps de réfléchir. La science consiste à découvrir et à faire des liens entre les idées.

Durant mon parcours scolaire, j'appréciais les sujets suivants :

  • Arts visuels
  • Langues étrangères
  • Histoire
  • Mathématiques
  • Technologie
  • Informatique
  • Musique

Durant mon parcours scolaire , je me décrirais comme une personne qui :

  • Appréciait travailler seul
  • Aimait aider les autres
  • Aimait travailler avec ses mains
  • Aimait la lecture
  • Aimait avoir la liberté d’explorer ses idées
  • Était très créative
  • Ressentait une intense satisfaction lorsqu’elle obtenait de bonnes notes
  • N’était pas certaine de ce qu’elle voulait faire plus tard
  • Aimait démonter les objets pour comprendre comment ils fonctionnaient
  • J’aime courir sur de longues distances
  • J’aime peindre à l’acrylique
  • Enjoyed learning different programming languages
  • J’aime apprendre différents langages de programmation
  • portrait par Kenzie Arnott

    Kenzie Arnott

    Profils de carrière

    Responsable du programme « Science in the City »

    Je dirige un programme de communication scientifique dans trois villes différentes. Le but est de connecter les scientifiques afin de les aider à comprendre les spécialités des uns et des autres.
  • portrait par Jose Chiriboga

    Jose Chiriboga (il)

    Profils de carrière

    Associé principal au soutien scientifique

    Mon équipe et moi créons et animons des programmes de formation illustrant les diverses manières d’utiliser nos produits afin de faciliter la recherche scientifique et l’innovation.
  • Genny Marcoux debout devant un fond de fleurs artificielles roses et blanches de taille humaine.

    Genny Marcoux

    Profils de carrière

    Responsable de l’infrastructure et de la sécurité

    Je dirige une équipe experte chargée de créer un environnement sécurisé pour l’équipe de développement de cours, permettant à la clientèle de se familiariser avec nos produits et d’apprendre la cybersécurité.
  • portrait par Gordon Martell

    Gordon Martell (il)

    Profils de carrière

    Professeur adjoint

    J’enseigne aux étudiants et étudiantes du postsecondaire à devenir des leaders dans les écoles et autres organisations.
  • Nancy Rogers debout sur un affleurement rocheux où elle prospecte des minéraux. Encadré : Roche de labradorite coupée pour exposer les motifs de couleur.

    Nancy Rogers

    Profils de carrière

    Prospectrice professionnelle et artisane

    Je me rends dans des régions reculées à la recherche de minéraux et de cristaux.
  • portrait par Marianne Parent

    Marianne Parent (elle)

    Profils de carrière

    Vétérinaire / Candidate au doctorat en épidémiologie vétérinaire,

    Je suis une docteure pour les chats et les chiens, ainsi que pour certains autres animaux comme les perroquets et les lapins. Je fais aussi de la recherche sur un parasite du saumon d’élevage.
  • portrait par Ali Ashrafi

    Ali Ashrafi (il)

    Profils de carrière

    Candidat au doctorat

    Je suis inscrit dans un programme de doctorat en sciences humaines.
  • portrait par Olivia Ivany

    Olivia Ivany

    Profils de carrière

    Technologue en échographie diagnostique

    J’effectue différents types d’échographies sur l'ensemble du corps.
  • portrait par Rashell Featherstone

    Rashell Featherstone (elle)

    Profils de carrière

    Associée principale au programme

    Je coordonne des projets pour le développement de nouveaux produits chez STEMCELL.
  • portrait par Tyler Morhart

    Tyler Morhart (il)

    Profils de carrière

    Scientifique, responsable de la ligne de faisceaux – SyLMAND

    Je fais partie du personnel scientifique à l’installation de rayonnement synchrotron du Centre canadien de rayonnement synchrotron. Je suis responsable de la ligne de faisceaux de SyLMAND.
  • portrait parMohamd Imad

    Mohamd Imad

    Profils de carrière

    Spécialiste de l’étalonnage des systèmes de diagnostic et de contrôle des véhicules

    Je travaille sur l’électronique, le câblage et les logiciels des véhicules extraordinaires de General Motors.
  • Brianna Lummerding à genoux près d’un cerceau en plastique collectant des échantillons dans un champ herbeux.

    Brianna Lummerding

    Profils de carrière

    Responsable de l’innovation agronomique

    Je m’occupe de tout ce qui concerne la gestion des sols pour un groupe de détaillants et détaillantes.